1、产权不清，很多企业成立的时候，因为注册资金的问题，导致后期对企业的控制力薄弱，随着企业规模的扩大，股东会、董事会、监事会的职能逐渐弱化，内部决策机制不清晰。
2、经营不善，很多创始人自身能力不足或者努力程度不够，导致企业缺乏长远的发展规划，盲目扩张或停滞不前，不能有效配置资源，提高效率，最终可能亏损失去市场机会。另外可能会有财务不规范等问题，在融资时会遇到瓶颈。
3、治理结构不合理，很多企业在创业初期都实行一股独大（股权集中）的治理结构，这种结构可以迅速解决企业初创时期出现的很多问题，但弊端就是决策不够科学，当企业发展到一定阶段的时候，这种结构会导致企业陷入困境。 还有的企业董事会、监事会等机构设置不全，甚至没有，使得企业内部监督缺失。
鞠菲鸿优质答主改革开放以来，我国的经济发展很快，而民营企业也获得了比较大的发展，然而，随着市场经济的发展，民营企业的发展在许多方面不适应市场经济发展的要求，主要表现在以下几个方面：
一、产权关系不明。
一是个人持股占绝对比重，法人持股和公众持股严重不足。
二是在一些已经进行股份制改造的民营企业中，其股权结构和法人治理结构只具有类似现代企业制度的外观，其实质仍然是企业主的家族式绝对控制，产权管理和公司经营管理之间的界限不清。
二、公司治理结构不完善。
一是董事会成员、监事会成员和经理层成员严重交叉任职，致使所有者职能、监督者职能和经营者职能混乱，公司监事会和董事会名存实亡。
二是家族势力对公司的事务实行“一言堂”式的管理，家族成员凭借对公司的控制权操纵董事会，使管理层和监督层都形同虚设，不能发挥独立决策和有效监督作用。
三、企业运行机制缺乏规范化和科学化。一是企业内部的财务、审计、人事等制度不健全，使企业难以按照制度的规定和约束进行运作，企业运行缺乏规范化和制度化。二是家族式的管理在企业中大量存在，使企业在管理上随意性和人治色彩很浓，企业运行缺乏科学性。
四、缺乏严格合理的激励和监督机制。
一是缺乏科学、规范的管理人员的量化考核和评价指标体系，对管理人员的考核和评价缺乏科学、有效的约束机制。
二是企业往往通过企业间的资金拆借、互抵资产等形式掩盖亏损，甚至通过各种手段将不良资产转移至关联企业，使企业能够长期稳定地获得资金支持，缺乏激励企业改善经营管理的措施。
