水利建设基金属于政府性基金，不是税收，所以不能作为税前列支项。但是考虑到其专项用于水利的建设与维护，相当于对公共事业的一种补偿，具有公益性，所以在企业所得税前予以扣除，在会计处理时，计入管理费用科目，贷记“其他应付款——应交水利建设基金”科目。 缴纳时，借记“其他应付款——应交水利建设费”，贷记“银行存款”等。
对于企业预缴多交的，可在以后月份办理汇算清缴时冲减应纳税所得额；逾期缴纳的，根据《中华人民共和国税收征收管理法》第三十二条规定：纳税人未按照规定期限缴纳税款的，税务机关除责令限期缴纳外，还可以处二千元以下的罚款；情节严重的，处二千元以上一万元以下的罚款；逾期不缴或者少缴税款，数额较小的，可以处以五万元的罚款；数额较大的，可以处以十万元的罚款；情节特别严重的，可以处以五十万元的罚款；有违法所得的，没收非法所得。
籍均畅优质答主2016年11月14日，国家税务总局山东省税务局发布了一份名为《关于水利基金计提基数相关问题的公告》（2016年第2号公告），规定了企业计提水利基金时所依据的工资基数包括以下几点：
1. 工资、奖金、各种津贴、补贴、工资性补贴、加班工资、劳动保护的各种支出以及附加工资、保留工资等；
2. 按照有关规定向本单位职工集资或借款用于生产、经营、基建的投资利息（不包括应付福利费开支的利息）；
3. 支付给本单位职工的各种误餐费（不包括按规定给予客户的误餐费）；
4. 向本单位职工支付的劳动保护用品的开支；
5. 职工调动、退休、解除劳动合同支付的 Severance Pay（经济补偿金）；
6. 独生子女费用、计划生育奖、丧葬费、抚恤金、由企业支付的职工退职金；
7. 与企业建立了劳动关系的临时工、在册不在岗职工，其他从业人员的劳动报酬及上述相关费用；
8. 实行年薪制和绩效工资等工资制度的企业，应当将兑现的部分计入前款计税工资总额。
需要注意的是，上述公告自2016年11月14日起执行，有效期5年。对于2015年度计提的水利基金，应按照原规定进行税务处理。
